自南边而来的朱元璋的军队横扫千军，他们先是攻克了山东，随后是陕西潼关，最后是北京，朱元璋遵循这样的战略，结局是明军清扫了扩廓的对手们，而扩廓不损一兵一卒，带兵退回了蒙古。于是扩廓一直是北方分裂政权中的最强大的力量。
明代开创者用武力征服了中国，可以说明朝是在一个叛.乱中产生的政权，而朱元璋在反叛元政府的时候，他在某种程度上采取了穷兵黩武的形式。
是以明朝廷这个政权需要争取人学士、精英士子这个阶层的支持，以及对儒家传统礼贤让步，这是明朝廷在后期亟待妥协的地方。
洪武三年，明廷对元朝留下的残余势力采取外交攻势，具体说辞是，元朝曾经承天受命，元天子既然承受过天命，那么明朝如今也是承受天命，明廷请蒙古人承认大明朝的国运天授，请蒙古人承认大明朝对于元朝的合法继承性。
朱元璋给出的说辞是这样，他承诺第一步骤就是为蒙古人编纂《元史》。
但朱元璋的外交手段并没有成功，掌握蒙古民兵武装势力的元帅察罕帖木儿被害之后，扩廓帖木儿将他叔叔的统治机器重新捏合在一起，并表示将继续忠于元王朝。
洪武二年八月，明朝大将常遇春去世，将军李忠接手了常遇春的军权，他与将军冯胜共同率领一支军队从北京经过居庸关去攻打元帝。
另一支由大将军徐达带领的军队直接取道西安攻打扩廓帖木儿。
李忠的军队奔袭察罕湖，他们节节战胜。等到洪武三年五月，元帝妥懽贴睦尔在应昌去世，他的儿子爱猷识里达腊继位。此时，李忠率军突袭应昌，爱猷识里达腊越过戈壁，逃往外蒙古，而爱猷识里达腊的儿子和蒙古五千勇士被俘。
李忠给予自己的战绩高度评价，他在写给朱元璋的奏章里处处表功，奏章中充满了对自己的盛大功勋的赞誉之情。李忠傲慢且骄矜，朱元璋很不痛快，尽管李忠是他的外甥。
李忠这一场胜利给大明朝带来了三十多年的军事优势，蒙古人在此后的三十多年里都没有在蒙古东部草原占到甚么便宜。
徐达在甘肃东部找到了扩廓帖木儿的踪迹，蒙古人的人数比他想象中还要多，明军采取守势。
蒙古人率先攻打明军左丞相胡德济统领的西南翼，胡德济惊慌失措，徐达铐上了他，并罢免了他的职务。次日，明军反扑，而扩廓跑了。扩廓帖木儿在这次战争中损失将近九万人。
洪武三年，明军在对蒙古人的战争上大获全胜，朱元璋腾出手来征服四川。
四川的领袖明玉珍曾经拒绝拥戴陈友谅称帝，他将陈友谅拒在三峡之外，后来明玉珍自己称帝，国号为“夏”。
朱元璋在占领鄱阳湖之后，曾经和明玉珍通信，两人互相派遣使节，并将自己的政权比作为三国时期的刘备和孙权。
大明朝建立的前两年，明玉珍去世，他的幼子明昇继位，夏国由他的母亲当政，明昇是夏国被操纵的傀儡皇帝。
由于女人掌权，夏国分崩离析，而朱元璋打算兵分两路入侵四川。
洪武四年，朱元璋令徐达驻守北京，邓俞入陕西解决军需问题。而原来在陕西的傅友德准备从北面进攻四川。
朱元璋的另一手打算是让廖永忠与汤和率水军走三峡进四川。
走北边的傅友德打得相对容易些，他先拿下阶州（今甘肃东南），后南下嘉陵江。夏军希望在长江前线打主力战，傅友德攻到汉州（成都北边），一个月之后，傅友德拿下了成都。
长江之上，夏军在瞿塘峡上安装吊桥，吊桥上装石弩，以此攻击明军的水手和纤夫。带领水军的汤和用炮火猛烈轰.炸吊桥，强行攻占了瞿塘峡，接着西上。
最后明军两支部队会师于重庆，夏政府投降。
朱元璋将明昇送往南京，与陈友谅的幼子陈理一同居住，最后两人都一同被放逐朝鲜。
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